本作では敵と遭遇すると、画面の切り替え等がなくシームレスに戦闘となり、キャラクターたちは敵に攻撃を開始します。

キャラクターはあらかじめ設定された条件にしたがってアビリティや魔法を自動でしようしますが、任意のタイミングで使用したい場合やターゲットを変更したい場合は、タッチペンで指示を出すことができます。

指示を出したいキャラクターをタッチすると、画面下部にメニューが表示されます。攻撃対象を変更したい場合は、そのまま敵をタッチして指示を出します。

メニューからまほう・わざを選択すると、修得しているアビリティや魔法が表示されるので、使用したいものをタッチペンで選択します。そして選択したコマンドを使用したい対象をタッチすると指示完了です。

もしも複数の味方キャラクターで敵１体を集中攻撃する時などは、タッチペンをスライドさせることで、味方キャラクターをまとめて選択できます。

敵と遭遇したら画面の切り替えなしにシームレスで戦闘に突入する本作の戦闘では、さらに特徴的なシステムが導入されています。「ファイナルファンタジー」シリーズではおなじみとなっている召喚獣。この異形の者を呼び出し、戦う力とする召喚獣を、本作では常時複数呼び出すことができ、パーティーメンバーの一員のように扱えるのです。使用できる召喚獣の種類もシリーズで最多となっており、それぞれ用途が違うため、呼び出す召喚獣によって敵を倒しやすくなったりします。

ただし、召喚獣を使えるのはヴァンたちだけではありません。敵となる勢力で聖石の力を得ている者たちは、召喚獣を使用してくるのです。このため、召喚獣をいかにうまく使用するかどうかが、今回の冒険のカギとなるでしょう。